Triangular Gatzouras-Lalley-type planar carpets with overlaps

We construct a family of planar self-affine carpets with overlaps using lower triangular matrices in a way that generalizes the original Gatzouras--Lalley carpets defined by diagonal matrices. Assuming the rectangular open set condition, Bara\'nski proved for this construction that for typical parameters, which can be explicitly checked, the inequalities between the Hausdorff, box and affinity dimension of the attractor are strict. We generalize this result to overlapping constructions, where we allow complete columns to be shifted along the horizontal axis or allow parallelograms to overlap within a column in a transversal way. Our main result is to show sufficient conditions under which these overlaps do not cause the drop of the dimension of the attractor. Several examples are provided to illustrate the results, including a self-affine smiley, a family of self-affine continuous curves, examples with overlaps and an application of our results to some three-dimensional systems.Comment: 12 figures; v2: improved presentation, updated references, added a three-dimensional example and an Appendix. Results unchange

Degrees and distances in random and evolving Apollonian networks

This paper studies Random and Evolving Apollonian networks (RANs and EANs), in d dimension for any d>=2, i.e. dynamically evolving random d dimensional simplices looked as graphs inside an initial d-dimensional simplex. We determine the limiting degree distribution in RANs and show that it follows a power law tail with exponent tau=(2d-1)/(d-1). We further show that the degree distribution in EANs converges to the same degree distribution if the simplex-occupation parameter in the n-th step of the dynamics is q_n->0 and sum_{n=0}^infty q_n =infty. This result gives a rigorous proof for the conjecture of Zhang et al. that EANs tend to show similar behavior as RANs once the occupation parameter q->0. We also determine the asymptotic behavior of shortest paths in RANs and EANs for arbitrary d dimensions. For RANs we show that the shortest path between two uniformly chosen vertices (typical distance), the flooding time of a uniformly picked vertex and the diameter of the graph after n steps all scale as constant times log n. We determine the constants for all three cases and prove a central limit theorem for the typical distances. We prove a similar CLT for typical distances in EANs

First Passage Percolation on Inhomogeneous Random Graphs

We investigate first passage percolation on inhomogeneous random graphs. The random graph model G(n,kappa) we study is the model introduced by Bollob\'as, Janson and Riordan, where each vertex has a type from a type space S and edge probabilities are independent, but depending on the types of the end vertices. Each edge is given an independent exponential weight. We determine the distribution of the weight of the shortest path between uniformly chosen vertices in the giant component and show that the hopcount, i.e. the number of edges on this minimal weight path, properly normalized follows a central limit theorem. We handle the cases where lambda(n)->lambda is finite or infinite, under the assumption that the average number of neighbors lambda(n) of a vertex is independent of the type. The paper is a generalization the paper by Bhamidi, van der Hofstad and Hooghiemstra, where FPP is explored on the Erdos-Renyi graphs

First Passage Percolation on Inhomogeneous Random Graphs

We investigate first passage percolation on inhomogeneous ran- dom graphs. The random graph model G(n, κ) we study is the model introduced by Bollob´as, Janson and Riordan in, where each vertex has a type from a type space S and edge probabilities are indepen- dent, but depending on the types of the end vertices. Each edge is given an independent exponential weight. We determine the distri- bution of the weight of the shortest path between uniformly chosen vertices in the giant component and show that the hopcount, i.e. the number of edges on this minimal weight path, properly normalized follows a central limit theorem. We handle the cases where ˜λn → ˜λ is finite or infinite, under the assumption that the average number of neighbors ˜λn of a vertex is independent of the type. The paper is a generalization of written by Bhamidi, van der Hofstad and Hooghiemstra, where FPP is explored on the Erd˝os-R´enyi graphs

Konformációs viszonyok és elektronszerkezet-változások vizsgálata fehérjékben = Investigation of conformational fluctuations and electronic structure variations in proteins

Feltérképeztük a foszfoglicerát kináz molekuláris felismerési folyamataiban szerepet játszó konformációs változásokat. Elvégeztük a foszfoinozitol kináz 3 alfa izoformájánnak 3D szerkezetpredikcióját, azonban a ligandumkötődés vizsgálatára a kooperáló partner elállása miatt nem került sor. Felderítettük a tetrahidribiopterin (BH4) kofaktor szerepe a nitrogén monoxid szintetáz (NOS) aktiválódásában. Meghatároztuk a NO kötőhelyét a nitroforin 4 (NP4) fehérje aktív helyén. Low-mode (LMOD) keresésen alapuló platfromfüggetlen konformerkereső és dokkoló eljárást dolgoztunk ki, amely az AMBER programcsomagban is hozzáférhető. Elvégeztük a kifejlesztett eljárás több konformerkereső módszerrel történő összehasonlító vizsgálatát. Eljárást dolgoztunk ki humán P450 2C9 ligandumok azonosítására és az izoforma specificitás vizsgálatára a 2C családban. Felderítettük a NADH kofaktor és NO kölcsönhatás szerepét a P450 NO-reduktáz fehérjében. A támogatott időszak alatt megkezdett hisztamin receptorok kutatását érintő vizsgálataink alapján új lipofil zsebet találtunk a H1 receptorban, ligandum információkkal segített homológiamodellezéssel előállítottuk a H4 receptor első atomi felbontású modelljét és eljárást dolgoztunk ki új H4 ligandunok azonosítására. Utóbbi eljárást az eddig ismert legkiterjedtebb szerkezet alapú szűrővizsgálatban alkalmazva új, kísérletileg is megerősített H4 ligandumokat azonosítottunk. | Conformational motions responsible for the substrate recognition in phosphoglycerate kinase have been explored. Homology model for phosphoinositol 3 kinase alpha isoform has been developed, however docking studies were suspended due to the changed interest of the partner (ComGenex Inc). The role of tetrahydrobiopterin cofactor in nitric oxide synthase has been clarified. The putative nitric oxide binding site in nitrophorin 4 has been identified. A platform-independent LMOD conformational search method has been developed and integrated to AMBER package at UCSF. The performance of this method has been evaluated and compared to other algorithms. A new virtual screening protocol has been developed for the identification of CYP 2C9 ligands. The protocol was useful for isofom specificity studies in the 2C family. The role of NADH-nitric oxide interaction in P450-No reductase has been investigated. A new lipophilic binding pocket in human histamine H1 receptor has been identified. The first atom-level model of human histamine H4 receptor has been constructed by ligand supported homology modelling. that was used to develop an effective virtual screening protocol. The protocol allowed us to perform the largest structure based virtual screening experiment using a screening database of more than 8 million compounds. Identified new chemical scaffolds showed submicromolar binding affinity towards the human histamine H4 receptor as revealed by experimental studies

A boka-kar index oszcillometriás elven működő meghatározásának helye a klinikai gyakorlatban = The potential role of oscillometric devices for ankle-brachial index measurements in clinical practice

Absztrakt: Bevezetés: A boka-kar index meghatározása során az oszcillometriás eszközök a hagyományos Doppler-elven működő eszközökkel összevetve több ígéretes előnyt mutatnak. A speciális képzés szükségtelensége, a gyorsabb kivitelezés, valamint a mérés operátortól független volta sorolható ezek közé. Célkitűzés: A boka-kar index oszcillometriás és a Doppler-elven működő meghatározásának összehasonlító elemzése. Módszer: A vizsgálati egyének esetében folyamatos hullámú Doppler és automata oszcillometriás (BOSO ABI-system 100) módszerrel a boka-kar index egyidejű meghatározását végeztük. Az összehasonlító elemzés Bland−Altman- és ROC-analízis alkalmazásával történt. Eredmények: A két módszerrel végzett vizsgálat (734 mérés) jó egyezést mutatott a boka-kar index tartomány 0,9 értékéhez közel. Ezen érték alatt és felett az egyezés mértéke csökkent. Az oszcillometriás mérés során optimálisnak tekinthető diagnosztikus boka-kar index határérték 0,96 volt. Következtetések: A boka-kar index oszcillometriás meghatározása nem helyettesíti a Doppler-alapú mérést a teljes boka-kar index tartományban. Mindazonáltal a hatékony diszkriminációs tulajdonságának köszönhetően a tünetmentes egyének szűrésekor hathatós eszköz lehet. Orv Hetil. 2018; 159(5): 176–182. | Abstract: Introduction: Oscillometric devices in contrast to the traditional Doppler based method for ankle-brachial index measurements have promising advantages like no need for special training, faster performance, and operator independence. Aim: Comparative assessment of the oscillometric and Doppler-based ankle-brachial index measurement. Method: Ankle-brachial index measurements were performed by continuous wave Doppler and an automatic oscillometric device (BOSO ABI-system 100) in consecutive subjects. The comparative assessment was performed by Bland−Altman and ROC analysis. Results: The two kinds of measurements (734 measurements) showed a good agreement in the ankle-brachial index spectrum close to the cut-off value of 0.9. The agreement diminished below or above this value. The optimal oscillometric ankle-brachial index diagnostic cut-off value was 0.96. Conclusions: The oscillometric device is not interchangeable for Doppler devices in the whole ankle-brachial index spectrum. Nevertheless, owing to its discriminative power, the oscillometric measurement potentially has an efficient role in the screening of asymptomatic patients. Orv Hetil. 2018; 159(5): 176–182

A nyaki verőér-szűkületes betegek ellátási irányelveinek különbségei Európa különböző országaiban

A tudomány jelenlegi állása szerint – csoportok összehasonlítására épülő matematikai-statisztikai eszközökkel – a leginkább hatékonynak és hatásosnak vélt kezelési módszerek szisztematikus elemzése mentén, a bizonyítékokon alapuló irányelveken nyugvó gyógyító munkát tekintjük követendőnek. A nyaki verőérszűkület ellátása esetén az utóbbi években elkészült mind a hazai, mind az európai irányelv, mindemellett a társszakmák irányelveiben is megje- lentek kezelési javaslatok. Közleményünkben összehasonlítottuk a témában publikált magyar, angol, német és olasz nyelvű, valamint az európai társaságok által kiadott irányelveket. Az irányelvek alapelveikben hasonlóak, formailag és tartalmilag azonban jelentős (időnként egymásnak ellentmondani látszó) különbségeket találhatunk. Az ellentmon- dások három leggyakoribb oka: 1) az egyes irányelvek által kitűzött célok különbözősége, 2) az aszimptomatikus és szimptomatikus betegcsoport definíciói, valamint 3) az eltérő evidenciaszintek. Az irányelvek összevetése alapján a tünetes, szignifikáns nyaki verőérszűkületek sebészi ellátása evidenciának tekinthető. A szimptomatikus nyaki verőér- szűkület a definíció szerint ellenoldali cerebralis ischaemia okozta, tranziens vagy definitív plegia, paresis, aphasia és az azonos oldali arteria centralis retinae embolisatiója miatti amaurosis fugax. A tünetmentes nyaki verőérszűkületek ellátása tekintetében az európai és a nemzeti irányelvek nem azonosak, ezen esetek terápiás döntése egyéni mérlege- lést igényel. Tünetmentes, 70%-os stenosis esetén vascularteam-konzílium javasolt